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模拟计算

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第一性原理是指不使用经验参数,只通过基本物理常量(me、c、e、h、kB)来计算微观体系基本性质的方法。它包括基于密度泛函的从头算和基于Hartree-Fock自洽计算的从头算,前者以电子密度作为基本变量(Hohenberg-Kohn定理),通过求解Kohn-Sham方程,进行迭代自洽得到体系的基态电子密度,进而求得体系的基态性质;后者则通过自洽求解Hartree-Fock方程,获得体系的波函数进而求得基态性质。它可以确定已知材料的结构和基础性质,并实现原子级别的精准控制。

适合的研究方向:金属材料、非金属材料、纳米材料、半导体材料、电催化光催化、热催化、电池、固体、界面、合金、吸附等

可以计算的内容:
1、电子结构计算,如电荷密度、电荷差分密度、态密度、能带、费米能级、功函数、ELF等
2、几何结构计算,如键长、键角、二面角、晶格常数、原子位置等
3、材料性质计算,如介电常数、弹性模量、磁导率、热导率、界面热阻等
4、催化相关计算,如HER、OER/ORR、NRR、CO2RR等
5、能量相关计算,如吉布斯自由能、吸附能、掺杂能、形成能等
6、反应相关计算,如反应路径、反应机理研究、过渡态搜索、能垒计算等
7、其他计算,如声子谱、异质结、锂-硫电池、碱金属离子电池、高熵合金计算等

分子动力学(Molecular Dynamics,MD)是根据经典牛顿力学来模拟分子运动的方法。通过在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本来计算体系的构型积分,并以构型积分为基础进一步计算体系的热力学量和其它宏观性质。通过该方法,科学家不仅可以研究凝聚态系统,还可以引入量子力学方法从而扩展研究领域到反应机理的研究。作为一种计算机模拟实验方法,分子动力学模拟已成为研究凝聚态系统的有力工具。通过模拟,研究者可以获取体系原子的运动轨迹,观察微观细节,深入理解生物大分子的运动与生物功能、蛋白-小分子之间的相互作用机理,以及纳米材料分子的自组装过程。

适合的研究方向:生物体系,蛋白质,核酸,多肽,药物分子,聚合物,小分子等

可以计算的内容:
1、蛋白三维模型搭建(同源建模、从头建模)
2、分子对接,如蛋白、多肽、化合物、多糖、脂、醇、金属、纳米材料、骨架材料、聚合物等生物材料的对接;
3、氦基酸突变修饰、金属离子溶液中、膜体系、配体通道、多肽设计、多肽种植、纳米颗粒互作、多肽自组装供组装、蛋白拉伸、穿膜、cphmd、有机生物材料等大体系动力学模拟;
4、分子自组装模拟、粗粒化模拟、耗散粒子模拟、电解液溶剂化模拟、合金压缩拉伸模拟、金属螯合、复合材料性能模拟、界面吸附等材料类动力学模拟;
5、动力学后数据分析,如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢键数量分析、亲疏水性分析等;
6、药物相关模拟,如药物衍生物库设计、网络药理学、生信分析、虚拟筛选、反向找靶、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建等;

有限元法是一种求解偏微分方程的数值计算方法。其本质是通过将结构离散化,产生有限个容易分析求解的单元,从而将连续体看作是仅在节点处连接的有限个单元的集合。通过有限元方程组求解各个节点值,代入到表示单元内场分布规律的插值函数中,就可以得到整个连续体的场函数。因为实际问题被较简单的问题所代替,所以这个解不是准确解,而是近似解。由于大多数实际问题难以得到准确解,而有限元不仅计算精度高,而且能适应各种复杂形状,因而成为行之有效的工程分析手段。

适合的研究方向:机械、土木、工艺、工业、工程、光学、声学等

可以计算的内容:
1、电磁相关仿真,电场、磁场、电磁耦合、磁热耦合、电机、射频微波等
2、结构相关仿真,接触分析、非线性分析、振动、疲劳、传热、裂纹、碰撞分析等
3、流体相关仿真,多相流体、导热换热散热、组分运输、流体流动、相变、管道阻力等
4、光学、声学仿真等

量子化学是应用量子力学的基本原理和方法研究化学问题的一门基础科学。研究范围包括稳定和不稳定分子的结构、性能及其结构与性能之间的关系,分子与分子之间的相互作用,分子与分子之间的相互碰撞和相互反应等问题。

可以计算的内容:
1、分子性质预测,如静电势、偶极矩、布居数、轨道特性、键级、电荷、极化率、电子亲和能、电离势、自旋密度、电子转移等
2、化学反应机理,如稳态及过渡态结构确定、反应热、反应能垒、反应机理及反应动力学等
3、激发态反应,如激发态结构确定、激发能、跃迁偶极矩、荧光光谱、磷光光谱、势能面交叉研究等
4、弱相互作用,氢键、卤键、硫键、π-π堆积、盐桥、阳离子-π、疏水作用力等
5、光谱预测,红外、拉曼、紫外吸收、荧光、磷光、核磁谱、圆二色谱、旋光度等

机器学习是一种人工智能(Al)领域的技术,它使计算机系统能够通过数据学习、改进和执行特定任务,而无需明确地编程。机器学习算法能够分析大量的数据,从中识别模式、趋势和规律,并利用这些信息做出预测或做出决策。机器学习采用了一种不同的方法。它使用训练数据作为输入,并使用统计和算法来构建一个模型,该模型能够从数据中学习,并根据学习到的知识做出预测或做出决策。机器学习可以应用于各种领域和任务,包括图像和语音识别、自然语言处理、推荐系统、数据分析和预测等。

适合的研究方向:材料、生物、医药、经济、金融、交通、电子商务等

可以计算的内容:
1.神经网络
2.自动驾驶
3.材料设计
4.数据降维
5.物理性质预测
6.特征提取
7.图像分析
8.聚类分析

相图是描述物质在不同温度、压力和组成条件下的相态关系的图表或图形。它以温度和组成为自变量,显示了物质可能存在的各种相态(如固体、液体和气体)以及相态之间的相变线。通过相图分析,可以了解物质在不同条件下的相变行为和相平衡关系。相图分析的主要目的有以下几个方面:相变行为预测、相平衡确定、材料设计和优化、相图相容性评估;总之,相图分析是研究物质相态变化的重要方法,可以帮助我们理解物质的相变行为、相平衡关系以及材料设计和优化。

适合的研究方向:材料科学、工程材料等

可以计算的内容:
1、二元相图分析
2、三元相图分析
3、相成分计算
4、多相平衡图计算
5、混合焓计算
6、热容计算

模拟计算是一种通过构建数学模型来模拟真实世界的过程。随着计算机性能的提升,模拟计算在材料科学、生物医学、气象学等领域得到了广泛应用。此外,新兴技术如人工智能和大数据分析也为模拟计算带来了新的发展机遇。其实模拟计算在材料科学、生物医学等领域的应用历史可以追溯到20世纪。20世纪60年代,美国材料科学家Walter Johnson和Ralph Philip提出了用计算机模拟材料结构和性质的方法。他们使用分子动力学(MD)方法模拟了金属、聚合物和液晶等材料的原子和分子的运动。在20世纪70年代,随着计算机技术的发展,MD方法得到了广泛应用,人们开始使用它来研究材料的热力学性质、动力学行为、相变和缺陷等。在这一时期,人们还开发了Monte Carlo(MC)方法和分子轨迹(MT)方法等其他计算方法。在后来的20多年里随着计算机性能的提高和软件工具的不断完善,模拟计算在科学领域的应用得到了进一步扩展。人们开始使用密度泛函理论(DFT)等计算方法来研究材料的电子结构、光学性质和磁性行为。模拟计算可以帮助人们深入理解材料的性质和行为,加速研究的发现和开发,推动科学的发展。到目前为,模拟计算大致可分为以下几类:基于量子力学的计算方法也被称为从头算方法,分子动力学,蒙特卡洛方法,多尺度建模和仿真,以及量子力学结合分子动力学方法(QM/MM)。

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